1) Conecte o pendrive em algum micro.

2) Abra o Menu Iniciar do Windows e no pesquisar ou executar digite cmd.

3) Na janela preta que surgir digite a letra do seu pendrive seguida dos dois pontos e a tecla enter, por exemplo F:

4) No comando abaixo, substitua o símbolo # pela mesma letra que você usou no passo 3.

5) Digite o comando ATTRIB -S -R -H #:\*.* /D /S

6) Aguarde o termino do comando e olhe se resolveu.

7) Se você olhar no pendrive verá que agora estão aparecendo as pastas e arquivos, porém ainda estão os atalhos, que são os ícones com uma seta, como se os seus arquivos estivessem duplicados, para isso ainda na tela preta, digite o seguinte comando e pressione a tecla enter DEL *.LNK

Observação: Poderá ainda conter arquivos ou pastas iniciados com os caracteres ._ poderá deletá-los normalmente já que são cópia dos originais no próprio pedrive.